LCA 2 - Essai diagnostique

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Résumé

Objectifs CNCI
- cf liste des Objectifs du CNCI / LCA du CNCI
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Mots-clés / Tiroirs
NPO / à savoir
– Guide d’analyse de la litterature et gradation des recommandations / Agence nationale d'accréditation et d'évaluation en santé / 2000

 

 

 

– Tests de dépistage / de confirmation
– Se-Sp / RVP-RVN / VVP-VPN
– Bayes / Fagan / VVP = p x RVP
– ROC / Pearson / Bland-Altman
– Reproductibilité / concordance 
– Gold standard validé / description ++

 

– Tous les patients ont les 2 tests
– Présence des IC95

Types de test diagnostiques

Tests qualitatifs et quantitatifs

  • Test qualitatif
    • Résultat:
      • binaire (dichotomique): + ou – (ex: crachats BK)
      • nominal: échelle sans hiérarchie (ex: groupes sg: A/B/AB/O)
      • ordinal: échelle hierarchique (ex: grade I/II/III)
    • → évaluation de la reproductibilité par coefficient kappa (κ)
  • Test quantitatif
    • Résultat
      • toujours une valeur numérique continue (ex: glycémie)
      • problème = valeur seuil normal / pathologique
    • → détermination de la valeur seuil par courbe ROC (+/- Pearson / Bland-Altman)

Tests de dépistage et de confirmation

 
Test diagnostique de dépistage
Test diagnostique de confirmation
Objectif
  • Dépistage d’une maladie latente
  • Diminution de la mortalité
  • Diagnostic de certitude
  • Pour décision thérapeutique
Contexte
  • Problème de santé publique
  • Prévention secondaire
  • Histoire naturelle connue
  • A la suite d’un test de dépistage
  • Si doute diagnostique
Sujets
  • sur une population
  • dépistage de masse
  • sur un individu
  • confirmation ciblée
Se/Sp
  • Se +++ / Sp ↓
  • VPN maximale
  • Sp +++ / Se ↓
  • VPP maximale
Avantages
  • Coût faible / rapide
  • Bonne faisabilité
  • Bonne acceptabilité
  • Validité élevée
  • Bonne reproductibilité
  • Peu de biais
Inconvénients
  • Faible validité: biais souvent nombreux
  • Coût plus elevé
  • Plus lourd, souvent invasif

Conditions pour le dépistage de masse (OMS) +++

  • Maladie
    • fréquente / grave / problème de santé publique
    • curable si diagnostic précoce / ↓ mortalité
    • latent: évolution naturelle connue et lente
  • Population cible
    • connue: données démographiques (ex: femmes entre 50 et 75ans)
    • accessible / mobilisable / dépistage ressenti comme un besoin..
  • Tests
    • test de dépistage: validé / simple / acceptable / peu coûteux / reproductible
    • test de confirmation: existant / validé / acceptable

Paramètres opérationnels d’un test diagnostique

Quelque soit le paramètre évalué

  • Tableau de contingence +++
     
    M+
    M-
    T+
    VP
    FP
    T-
    FN
    VN
  • !! Pour que l’article soit valable, vérifier
    • La présence d’une définition précise et valable pour FP/FN/VP/VN +++
    • La représentatitivité de l’échantillon: critères de sélection / prévalence

Sensibilité (Se) / Spécificité (Sp)

  • !! Paramètres intrinsèques =  ne dépendent pas de la prévalence
    • Mais dépendent du seuil si quantitatif (cf courbe ROC: infra)
    • Déterminent (avec RV) la validité intrinsèque du test
  • Sensibilité (Se)
    • Se = probabilité d’avoir un test positif si patient malade
    • Se = p(T+/M+) = p(T+ ∩ M+) / p(M+) = VP / (VP+FN)
  • Spécificité (Sp)
    • Sp = probabilité d’avoir un test négatif si patient sain
    • Sp = p(T-/M-) = p(T- ∩ M-) / p(M-) = VN / (VN+FP)
  • Remarque: indice de Youden
    • Y = Se + Sp – 1 ; permet un aperçu global

Valeur prédictive positive (VPP) / négative (VPN)

  • !! Paramètre extrinsèques = dépendent de la prévalence
    • Déterminent la validité extrinsèque du test
    • On a VPP = RVP x prévalence
  • Valeur prédictive positive (VPP)
    • VPP = probabilité d’être malade si le test est positif
    • VPP = p(M+/T+) = p(M+∩T+) / p(T+) = VP / (VP+FP)
  • Valeur prédictive négative
    • VPN = probabilité d’être sain si le test est négatif
    • VPN = p(M-/T-) = p(M-∩T-) / p(T-) = VN / (VN+FN)

Rapport de vraissemblance positif (RVP) / négatif (RVN)

  • RV = LR: Likelihood Ratios
  • !! Paramètres intrinsèques: ne dépendent pas de la prévalence
    • Déterminent (avec Se/Sp) la validité intrinsèque du test
  • RVP (= RV d’un test positif)
    • RVP = combien de fois plus vraissemblable d’être M+ sachant qu’on a T+
    • RVP = p(T+/M+) / p(T+/M-) = (VP/M+) / (FP/M-) = Se / (1-Sp)
    • Exemple: RVP = 5 → le patient a 5x plus de chance d’être malade si T+
  • RVN (= RV d’un test négatif)
    • RVN = combien de fois plus vraissemblable d’être M- sachant qu’on a T-
    • RVN = p(T-/M+) / p(T-/M-) = (FN/M+) / (VN/M-) = (1-Se) / Sp
    • Exemple: RVN = 0.2 → le patient a 1/0.2 (= 5x) plus de chance d’être sain si T-
  • Théorème de Bayes / Nommogramme de Fagan
    • p (post-test) = p (pré-test) x RV → on a VPP = prévalence x RVP
    • Plus le RVP est > 1, plus il augmente la probabilité post-test d’être M+
    • Plus le RVN est < 1, plus il augmente la pobabilité post-test d'être M-
    • → Nomogramme de Fagan associe p(post-test) à chaque p(pré-test) et RV
  • !! Remarque
    • Si on veut une VPN ↑ il faut une p (pré-test) assez basse
      • exemple = test diagnostique de confirmation
      • → D-dimères inutile si la probabilité clinique d’EP élevée
    • Si on veut une VPP ↑ il faut une p (pré-test) assez élevée
      • exemple = test diagnostique de dépistage
      • → pas de dépistage du cancer de l’ovaire par échographie
  • Bonnes valeurs pour les RV
    • Fort gain diagnostique si RVP > 10 et RVN < 0.1
    • Le test est moyen si RVP = 5-10 et RVN = 0.1-0.2
    • Le test est mauvais si RVP < 2 et RVN > 0.5
  • Intérêts du rapport de vraissemblance
    • Indépendant de la prévalence (intrinsèque): ne dépend pas du groupe de patient
    • Intérêt individuel en fonction de la probabilité pré-test d’un patient donné
    • Valeur différente selon la niveau quantitatif du test

Paramètres faisant varier les indicateurs de performances

  • Pour les caractéristiques intrinsèques (Se-Sp)
    • seuil de détection du test
      • si seuil bas: Se ↑ – Sp ↓ / VPP ↓ – VPN ↑ / RVP ↓ – RVN ↑
      • si seuil élevé: tout est inversé
    • stade de la maladie / quantité de l’inoculum
      • si maladie est avancée ou inoculum important
      • Se ↑ – Sp ↓ / VPP ↓ – VPN ↑ / RVP ↓ – RVN ↑
  • Pour les caractéristiques extrinsèques (VPP-VPN)
    • prévalence de la maladie
      • si p ↑ alors VPP ↑ et VPN ↓
      • si p ↓ alors VPP ↓ et VPN ↑
    • représentativité de l’échantillon
      • conséquence directe de ce qui précède
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